Ebenfalls zum 1. Januar 2004 tritt die neue Konzernstruktur in Kraft. Die Aktivitäten in den fünf Zielmärkten werden danach jeweils von einer Führungsgesellschaft mit eigener Ergebnisverantwortung gesteuert. Dies sind: Ruhrgas für das gesamteuropäische Gasgeschäft, E.ON Energie für Zentraleuropa, Powergen für Großbritannien, Sydkraft für Skandinavien und LG&E für den Mittleren Westen der USA. Dabei werden Sydkraft — bisher von E.ON Energie geführt — und LG&E — bisher über Powergen — direkt an die E.ON AG angebunden.
Daneben wird Powergen im Januar 2004 alleiniger Eigentümer von Midlands Electricity. Mit nunmehr 4,8 Mio Netzanschlüssen ist E.ON zweitgrößter Stromverteiler in Großbritannien.
